In PokéPark Wii: Pikachu’s Adventure, is het jouw taak om het PokéPark tegen gevaren te beschermen. Je doet dit door deeltjes van het kostbare Sky Prism te verzamelen. Maar omdat de stukjes Sky Prism over allerlei gebieden liggen verspreid, en je ze alleen te pakken kunt krijgen door lastige opdrachten te vervullen, wordt het je niet makkelijk gemaakt.

Het avontuur begint als Pikachu en zijn Pokémon-vrienden een mysterieuze tunnel in worden geleid. De tunnel blijkt naar een gebied te voeren dat bekend staat als het PokéPark. In dit gebied vinden ze uitgestrekte stranden, besneeuwde landschappen, ondergrondse mijnen en een eindeloze verzameling spellen!

Spelers besturen Pikachu en reizen door een serie gebieden. Onderweg ontmoeten ze andere Pokémon, en moeten de opdrachten uitvoeren die ze van hen krijgen. Die opdrachten, of Skill Games, variëren van het spelen van verstoppertje tot het voeren van intense Pokémon-gevechten. Wat voor Skill Game het ook is, als Pikachu wint, bestaat de mogelijkheid dat hij vriendschap sluit met de Pokémon die hem de opdracht gaf.